人民法院受理工程款清欠案件的案由是建设工程施工合同纠纷，在此类案件的审理中，发包人有可能提出诸如工程延期、工程质量、工程量大小、竣工验收等各种问题作为抗辩理由。

这对于承包人而言，要承担驳斥对方抗辩的较大的举证责任。而在起诉之前，承发包双方在协商时，一般双方的对立情绪相对较小，发包人往往表示“欠帐不赖帐”，甚至主动表示愿意订立还款计划。若出现此种情况，承包人且勿认为这是发包人给自己画饼充饥，而应抓住时机，力争在双方已确认事实的基础上和发包人签署还款协议。

这样，不仅达到了通过主张工程欠款而发生诉讼时效中断的目的，而且，在发包人逾期不还款时，承包人即可依据还款协议通过督促程序向法院申请支付令，如果发包人在收到支付令后15日内不提出书面异议，承包人就可以申请法院强制执行。

如果发包人提出了书面异议，则承包人可直接以还款协议作为起诉依据，从而可以把复杂的建设工程施工合同纠纷转化为一般的债权债务纠纷，大大降低了承包人的举证责任，减轻了诉讼难度。

当然，在取得了还款协议的情况下，承包人也完全可以视具体情况，不通过督促程序而直接以还款协议向人民法院起诉发包人。